Zakładem Obsługi zarządza Dyrektor, którego powołuje i odwołuje Wojewoda. Dyrektor Zakładu Obsługi realizuje zadania przy pomocy zastępców w Olsztynie i w Elblągu.
W Zakładzie Obsługi Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Wojewódzkiego z siedzibą w Olsztynie utworzone są następujące komórki organizacyjne:
dział administracyjny (symbol GPA)
dział księgowości (symbol GPK)
dział techniczny (symbol GPT)
dział eksploatacyjny (symbol GPE)
dział transportowy (symbol GPP)
w Oddziale Zakładu Obsługi w Elblągu:
samodzielne wieloosobowe stanowisko pracy ds. administracyjnych (symbol GPA)
samodzielne wieloosobowe stanowisko pracy ds. księgowości (GPK)
sekcja gospodarcza (symbol GPG)
w Delegaturze Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Wojewódzkiego w Ełku:
- jednoosobowe stanowisko kierowcy-zaopatrzeniowca-konserwatora
Nadzór nad działalnością Zakładu Obsługi sprawuje Dyrektor Generalny Urzędu.
SCHEMAT ORGANIZACYJNY ZAKŁADU OBSŁUGI WARMIŃSKO-MAZURSKIEGO URZĘDU WOJEWÓDZKIEGO W OLSZTYNIE.